کتاب تحول گفتمان سیاسی شیعه در ایران، به تبیین و تحلیل گفتمان سیاسی شیعه (با تاکید بر نظرات فقهای شیعه) از آغار عصر غیبت تا آغاز عصر جمهوری اسلامی پرداخته است. در این کتاب سعی شده با بررسی کتب، رسائل، مقالات، اسناد، گفته‌ها و عملکرد‌ اندیشمندان شیعه در طی دوران بعد از غیبت (329 ه.ق.) به این مهم توجه شود که آیا طی دوران مورد بررسی تحولی جدی در اندیشه‌ی سیاسی شیعه پدید آمده است یا نه. به عبارتی آیا گفتمان سیاسی شیعه طی هزاره‌ی اخیر ذاتا ثابت بوده یا به لحاظ تاریخی متحول گردیده و اگر متحول شده، این تحول ناشی از چه عواملی بوده است.

در این کتاب ضمن بیان دیدگاه رهبران مذهبی و فقها نسبت به سیاست و موضع قدرت در هر دوره در عین حال علت سکوت، انفعال و عدم رغبت فقها نسبت به مسائل سیاسی در برخی دوره‌ها نیز مورد مطالعه قرار گرفته است.

نویسنده‌ی کتاب با تقسیم تاریخ اندیشه‌ی سیاسی شیعه به دوره‌های گفتمانی مشخص که بر هر دوره منطقی متفاوت از منطق سایر دوره‌ها حاکم است، با اشاره به اینکه هر گفتمان در نقد، بازسازی، یا گسست از گفتمان قبلی پدید آمده است و در عین حال عناصری از گقتمان سابق نیز در گفتمان جدید به چشم می‌خورد، به توصیف و تبیین گفتمان غالب در هر دوره مشخص زمانی پرداخته است.

1- از آغاز عصر غیبت تا شروع دوران صفویه : گفتمان غالب، گفتمان سلطان جائر / سلطان عادل
2- عصر صفویه : گفتمان غالب، گفتمان قدرت موازی حکومت شاه شیعه / ولایت فقیه عادل
3- از پایان صفویه تا ابتدای قاجار : گفتمان غالب، گفتمان سکوت
4- از ابتدای عصر قاجار تا دوران مشروطه : گفتمان غالب، گفتمان ولایت عامه / سلطنت ماذون
5- عصر مشروطه : گفتمان غالب، گفتمان سلطنت مشروطه / مشروطه‌ی مشروعه
6- از عصر پهلوی تا شکل‌گیری مقدمات انقلاب اسلامی : گفتمان غالب، گفتمان سیاست‌گریزی فقها
7- از شکل‌گیری مقدمات تا پیروزی انقلاب اسلامی : گفتمان غالب، گفتمان مبارزه‌ی عملی برای تحقق حکومت اسلامی

نویسنده تقسیم‌بندی فوق را براساس دغدغه‌ها و سوال‌های اصلی هر دوران و پاسخ‌هایی که متفکرین دینی هر دوره به این سوال‌ها داده‌اند. و نهایتا یافتن احکام و گزاره‌های غالب و جدی هر دوره انجام داده‌است. و با نشان دادن خط سیر مشخصی که از عصر غیبت شروع و به آغاز عصر جمهوری اسلامی ختم می‌شود، حرکت علما و فقها را از حاشیه‌ی قدرت سیاسی به سمت مبارزه برای کسب آن (به عنوان یکی از حقوق بدیهی خود) و نهایتا قبضه‌ی قدرت سیاسی که با شروع عصر جمهوری اسلامی محقق می‌شود را تبیین می‌کند.

به این ترتیب در حالیکه از آغاز عصر غیبت، فقهای شیعه، حیطه‌ی ولایت فقها را محدود به قضاء، افتاء، امور حسبه نموده، اندیشه‌ی ورود به عرصه‌ی امور سیاسی را به خود راه نمی‌دادند، در عصر صفوی به تدریج می‌توان در نوشته‌های فقها نشانه‌های مقدماتی از ضرورت افزایش اقتدار فقها به حوزه‌‌هایی غیر از حوزه‌های شناخته شده را مشاهده نمود. گذشته از دوران فترت که سکوت علما را شاهدیم، در دوره‌ی بعدی یعنی عصر قاجار، اولین تصریح به ولایت عامه‌ی فقها با تاکید بر ضرورت انتظام دنیای مومنان توسط فقها ملاحظه می‌شود و در عصر مشروطه فقها در مواجهه با افکار و مفاهیم جدید به تلاش برای سازگار کردن وظایف الهی خود با شرایط جدید برمی‌آیند. با این وجود، در این دوره همچون دوره‌های گذشته، فقها تصور اعمال قدرت توسط خود را به مخیله‌شان خطور نمی‌دهند.

بعد از دوران فترتی که در پی شکست مشروطه پیدا و منجر به سیاست‌گریزی علما و مراجع شد، از دهه‌ی 1340 به بعد به تدریج خطوط تفکری در صحنه‌ی سیاسی شیعه آشکار می‌شود که به وضوح حکومت را حق بدیهی فقها اعلام نموده، در نوشته‌های خود به روشنی به شیوه‌های تحقق آن اشاره می‌نماید. این اندیشه در سال 1357 با بروز عوامل چندگانه‌ای که به فروپاشی رژیم شاهنشاهی منجر شد، در عمل محقق گردید و منجر به پیدایی گفتمان جدیدی در تاریخ سیاسی شیعه شد.